На факультеті функціонує дві магістерські програми на освітньо-кваліфікаційному рівні магістр:

• «Економіка підприємств АПК»;
• «Облік і аудит в управлінні АПК».

Магістерські програми “Економіка підприємств АПК” та «Облік і аудит в управлінні АПК» сформовані на підставі чинних освітніх стандартів України та “Положення про магістерську програму” ДВНЗ "Київський національний економічний університет імені Вадима Гетьмана", затвердженого Вченою радою університету.

Головною метою реалізації магістерських програм є формування у студентів компетенцій, необхідних для виконання фахових завдань за первинними посадами професіоналів.

Компетенції — це сформовані на основі знань, умінь, навичок та їх практичного застосування здатності особи виконувати визначені стандартом професійної діяльності завдання; це здатності, що підлягають вимірюванню та оцінюванню. Набуті випускниками університету професійні якості стають основним критерієм визначення результативності діяльності кафедр, факультетів та навчального закладу загалом. Компетенції відображають вимоги робочого місця, особисті якості випускника і відрізняються за своїм змістом у бакалаврів та магістрів.

В тому числі з кожної магістерської програми відповідними кафедрами розроблені спеціалізовані тренінги, в основі яких лежить закріплення практичних знань та навиків студентів набутих при вивченні вище наведених дисциплін.